三菱重工業、三菱東京UFJ銀行と並ぶ「三菱グループ御三家」の一つ。三井物産、住友商事と並んで日本を代表する総合商社で、単に「商事」といった場合は三菱商事のことを指すと言うほどである。 日本で初めての株式会社である坂本龍馬の海援隊、その後身となった九十九商会、三菱商会の流れと精神を汲む商社。
終戦後一度は財閥解体により三菱商事は解体されているが、1954年（昭和29）に大合同を遂げることになる。当時の高垣勝次郎社長は同年に発足された「金曜会」の初代世話人にも就任する。1992年6月から6年間、三菱の創業者・岩崎弥太郎の曾孫を妻にもつ槙原稔が社長を務めたことでも話題になった。
全共闘運動が最も盛んだった時代に土田・日石・ピース缶爆弾事件が起こされるなど日本の大資本を代表する企業と見られている。
貿易仲介を中心とした口銭を稼ぐビジネスが中心であったが、この10年間に資源開発への直接投資（天然ガスや原料炭）、菱食に代表される食料流通などのバリューチェーンの構築、コンビニエンスチェーンローソンを通じた消費者マーケットの開拓など、川上から川下までの領域にわたっての投資や経営参画を通じて収益を上げる体質変化を遂げ、収益拡大を続けている。
かつてキャッチフレーズを「ラーメンからミサイルまで」としていた時期があった。これは取り扱い商品の広範囲さを謳ったもので、ラーメンとは日清食品のチキンラーメンのことだった。なお、ミサイルというのは批判を浴びたので、後に「航空機」と変更された。
